Sposób działania i specyficzne właściwości węgiel aktywny zawdzięcza swojej budowie wewnętrznej, która jest porowata i stanowi jakby siatkę mikrokanalików. Porowata struktura węgla aktywnego odziedziczona jest w dużym stopniu po wyjściowym materiale organicznym, a rozwinięta w procesie wygrzewania w wysokiej temperaturze przy ograniczonym dostępie powietrza. Większość porów to silnie adsorbujące mikropory oraz pełniące głównie rolę kanałów transportowych mezopory. Taka konstrukcja węgla aktywnego charakteryzuje się bardzo dużą powierzchnią w przeliczeniu na jednostkę masy, np.: 1g. węgla aktywnego może zawierać nawet do 1500 m² powierzchni, dzięki czemu jest doskonałym adsorbentem - pochłaniaczem wielu związków chemicznych. W naszym przypadku, przy produkcji domowych alkoholi jest pochłaniaczem niechcianych związków aromatycznych i smakowych, które są pobocznym wynikiem fermentacji i których możemy się pozbyć przez filtrację węglem aktywnym, dzięki czemu otrzymamy czystszy i łagodniejszy w smaku alkohol.